有機肥廠應根據秩序、效率的原則進行設計和建設，所謂秩序原則就是布局應遵循有機肥生產系統順序和工藝順序，保證工藝的順暢；所謂效率原則就是布局應能滿足最大限度地提高勞動生產效率，保證生產的便捷，能以較低的能耗、較少的用工、適宜的勞動強度獲得較高的產能和最佳產品質量。
1，區域布局
總體布局要功能分區明確，建筑平面布局要考慮潔污分區的環境衛生要求。在資金、場地允許的情況下，應盡可能地明確劃分生產區、辦公區和生活區，盡量減少有機肥原料對辦公環境和生活環境的影響；同時也便于維護和保持廠內正常生產秩序。一般情況下，應將辦公區和生活區安排在整個項目的上風向。
2，系統布局
系統布局要充分考慮有機肥廠生產的原料、工藝以及產品的特點。一般情況下，選用的有機肥原料多為有機廢棄物，如畜禽糞便、市政污泥和城市垃圾等，水分大，臭味重，運輸、儲存及預處理過程中多少會對生產生活和周邊環境產生一定影響。布局設計中，應將原料儲存系統和預處理系統建設在項目區的下風向；同時，在滿足工藝要求的情況下，布局的設計要盡可能地提高場地或土地的利用率。
3，系統規模
一般情況下，系統規模是由項目規模決定的，但原料種類、原料性質、產品類型以及工藝因素也影響到系統設置的大小。例如，原料的性質、來源決定原料儲存系統的大小，原料水分低、來源廣、取運方便的，相應儲存系統規模就小，反之就越大；原料的性質也影響預處理系統的大小，原料組成越復雜，均勻度越差，預處理系統規模就越大；原料的性質和選擇的發酵方式不同，發酵系統的大小也存在差異，條垛式發酵場地占用面積大；產品類型則決定加工系統的規模，有機-無機復混肥比例越大，加工系統規模相應也越大。
4，系統連接
由于各系統在時間和空間上都有相對的獨立性，有機肥生產體系是否完善依賴于系統間的有機銜接。布局設計中，通常通過建筑物連接、設備連接和工藝連接將各系統整合成一個有機整體。如在同一建筑物或車間內劃分不同的功能區域，或者比鄰的建筑物見通過傳輸設備實現物料轉移，或者通過翻堆設備實現物料位移等。系統連接方式不是單一的，它受場地、原料形式和資金狀況等因素制約。在實際設計過程中，應注意生產運行路線的便捷，管線經濟合理的工程技術要求；工程平面布置力求經濟、合理，充分利用土地；在便于施工、便于安裝和便于維護的前提下，使近期工程哥處構筑物盡量集中，節約用地，并使工程區環境與周圍環境協調一致。
