中國微生物肥料行業經過幾十年的發展已經取得了一定的成績，形成了一定的規模，為中國農業生產、農業的可持續發展以及環境保護等做出了重要的貢獻。但是，目前中國微生物肥料行業仍舊存在著整體水平不高、技術創新不足、產品質量和效果不穩定、市場管理混亂等問題。
1，基礎研究落后于生產實踐
微生物肥料應用于生產中已經有幾十年的時間了，但是還存在許多不明確、未解決的問題。目前很多研究僅僅集中在某一類功能菌的菌株分離和大田試驗方面，對于自然界中廣泛存在的其他菌株缺乏基礎研究，例如，對于根瘤菌的固氮作用研究較多，有些方面已達到分子水平，但是對于自生固氮菌、解磷、硅酸鹽類細菌及其他促生菌等還缺乏深入研究。另外，對于微生物肥料中功能微生物本身的特性、作用機制、功能基因、在土壤與根際的定殖機理和存活繁殖動態等也缺乏深入研究。
菌種效能不穩定且單一。
2，微生物肥料的核心就是菌株。目前微生物肥料使用菌種比較單一且細菌肥較多，而細菌具有較強的自發突變性，在菌株繁殖傳代過程中往往造成菌株特性的減弱甚至消失，加之位于質粒上的基因不穩定使得很多優良基因容易丟失，所以很多的細菌肥料在研發和試驗的時候具有較好效果，但是在推廣使用過程中往往產生效果降低的現象。在工廠化生產中，普遍缺乏菌株，菌種資源匱乏，很多產品中經常是使用相同的菌株。并且其中活菌數量少，雜菌較多、有效期短。另外，有些未經鑒定的有害菌株流入生產環節，帶來安全隱患。
3 監督管理體制不夠完善
近幾年隨著微生物肥料的不斷發展，生產微生物肥料的企業越來越多，但多數是小規模企業，作坊式生產，設備工藝落后，產品質量不高或者不穩定。國家雖然已經實行了登記管理制度，但是管理力度不夠，不少產品未經登記和檢驗就進行生產和銷售。由于缺乏監管和質量檢驗，市面上流通著許多假冒偽劣產品冒充微生物肥料，給農業生產造成損失，影響惡劣。另外，由于缺乏對微生物肥料的正確宣傳和引導，其效果和好處還沒有被廣大農民認可，微生物肥料在全國肥料中所占比重偏小。
