隨著我國循環(huán)農(nóng)業(yè)研究的拓展和深入，作為循環(huán)農(nóng)業(yè)的一個重要環(huán)節(jié)，畜禽糞便的資源化處理和利用研究也得到了充分的重視，并去得了相當(dāng)大的進展。有些技術(shù)已在生產(chǎn)上廣為應(yīng)用，無論在經(jīng)濟上還是在生態(tài)上，皆去得了良好的效益。但是，就目前的畜禽糞便的處理和利用現(xiàn)狀而言，還遠未達到令人滿意的程度，并且部分地區(qū)由于畜禽養(yǎng)殖業(yè)規(guī)模及發(fā)展模式的變化，畜禽糞便的面源污染呈現(xiàn)加劇的趨勢。
第一，畜禽養(yǎng)殖業(yè)集約化的程度越來越高，專業(yè)化特征越來越明顯，導(dǎo)致養(yǎng)殖業(yè)與種植業(yè)的日益分離，循環(huán)農(nóng)業(yè)的鏈節(jié)中斷。從事養(yǎng)殖的不種地，糞便不能當(dāng)做肥料；種地的不再從事養(yǎng)殖，農(nóng)田靠施化肥，畜禽糞便用作農(nóng)田肥料的比重大幅度下降，畜禽糞便被亂堆亂排的現(xiàn)象越來越普通。
第二，畜禽養(yǎng)殖業(yè)從牧區(qū)、農(nóng)區(qū)向城市、城鎮(zhèn)周邊大量轉(zhuǎn)移，從人口稀少的偏遠農(nóng)村向人口稠密的城郊地區(qū)逐漸集中發(fā)展，而相應(yīng)的糞便處理措施跟不上，畜禽糞便無害與資源化以及商品化處置率＜5%。
第三，畜禽養(yǎng)殖業(yè)經(jīng)營方式日益趨向多樣化，公司加農(nóng)戶的新型經(jīng)營模式正在被越來越多的地方采納，畜禽糞便污染在許多地區(qū)以“面源”的形式出現(xiàn)，污染呈現(xiàn)了“面上開花”的現(xiàn)象。
第四，畜禽糞便資源化處理中，缺乏實用的、具有一定回報率的處理技術(shù)。部分養(yǎng)殖場雖然都不同程度地利用各種技術(shù)對其進行減量化處理、資源化利用，但是由于內(nèi)部管理粗放，對于一些處理設(shè)備的投入不足，導(dǎo)致糞便的再利用率低，致使大量營養(yǎng)物質(zhì)流失。
第五，我國的循環(huán)農(nóng)業(yè)還處于起步階段，成熟的循環(huán)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)技術(shù)比較少，發(fā)展規(guī)模小，在農(nóng)業(yè)中的比較較小，未形成發(fā)展循環(huán)農(nóng)業(yè)經(jīng)濟的良好氛圍。對循環(huán)經(jīng)濟的發(fā)展未形成整體規(guī)劃及整體效應(yīng)，對資源掠奪式利用和污染環(huán)境的現(xiàn)象還不能得到有效遏制，尤其是在廢棄物的處理和利用上效率很低。
