商品有機肥料生產處理工藝變化較大，易出現的問題較多，主要涉及發酵、干燥、成型等幾個環節：
一、片面追求通氣好氧發酵
好氧通氣發酵能加快發酵進程，縮短堆肥時間。但該工藝最大的問題是在發酵過程中，惡臭氣體隨著通風氣流排出，造成養分特別是N的較大損失，為了降低直接排放的危害，需增加設備及污染控制的投入。
改進措施：改變發酵材料結構，引入優良微生物菌群，使好氧發酵變為兼性發酵，達到減少通風次數或不通風的目的。
二、發酵菌與功能菌共同發酵
一些廠家為簡化工藝，將發酵菌和功能菌共同發酵。每種微生物都有其適宜的溫度范圍。功能菌具有溶磷、釋鉀、固氮、促生、防病等功效，但它們大都難以在60度以上高溫下正常繁殖生長，大部門微生物均會死亡或形成芽孢。
改進措施：先將原料發酵，在腐熟期或包裝前加入功能菌，混勻即可。
三、盲從活菌數指標
有些從業人員，選擇發酵劑時，只注重活菌數這個指標，片面認為這個指標越髙越好，而忽略了其他參數。事實上，微生物品種的選擇、接種比例、接種條件受到很多因素的影響。一般單一微生物效果不良，即使其活菌數含量高達數十億Cfu/g。反之，復合菌種盡管活菌數含量較低并可能有雜菌污染，但采用復合菌種的發酵效果較好。一般接種量在0.05％—1％。另外，實驗室菌種，由于沒有經過工業化過程，未在農業管理部門登記，故不能選用。
四、依賴機械耗能干燥
有機肥料在發酵過程中，必須保持一定的含水率，但發酵結束時，含水率仍然較高，而有機肥商品標準要求水分含量低于30%。故一些企業通過干燥設備，進行強制高溫快速干燥，以解決含水量偏高的問題。然而烘干將帶來嚴重的空氣污染、養分損失和肥效嚴重下降、能耗高、設備投資大等問題。
改進措施：干燥過程可通過發酵產生的熱干燥、日光干燥、風干等手段結合，充分通過利用生物能、日光能和風能，達到大幅度降低水分含量的目的。盡量減少或不用機械耗能干燥。亦可在不同季節釆用不同組合方式進行干燥處理。此外，選擇適當的配料進行發酵；根據季節調節發酵的起始含水量；使發酵達到一定高溫，即可有效降低或避免機械耗能干燥。
五、不當的造粒成型
生產商品有機肥料造粒，可以減少運輸體積，方便施肥要求。但有機肥料成型也有較大弊端：有機肥料本身就是緩效、長效的肥料，若再造粒成型，則易出現肥效差的情況。
改進措施：將生物菌和發酵有機肥料分袋包裝，臨用前混合，有利于保持生物菌的活性。
