有益微生物菌群與有機肥結合形成新型、安全的微生物-有肥肥料，稱為生物有機肥，其菌種、生產工藝和應用技術等與微生物肥料、有機肥料特點不同，
一是用于生物有機肥生產的菌種必須具備對固體有機物發酵的性能，使有機廢物腐熟、除臭和干燥，且可產生某些植物激素或具有固N、解P、解K或抑制植物根際病原菌的能力。而生產微生物肥料的菌種大都物發酵固體有機廢物的能力，生產有機肥料的菌種則以自然菌為主，常含有傳染病原菌、雜草種子等。
二是生物有機肥固體廢物不需滅菌二直接用于發酵，經腐熟、脫水、除臭后粉碎過篩即成生物有機肥原料，具有設備簡單、發酵處理時間短等優點。
三是生物有機肥大多以土施形式作基肥或追肥，施用量一般750～2500kg/h㎡,與微生物接種劑使用量15～30kg/h㎡相比施入土壤的有益微生物、有機物及微生物代謝產物高幾十倍，與施有機肥料相比施生物有機肥可大幅減少投入肥料的勞工，便于大規模生產和使用。
生物有機肥的特點
一是富含有益微生物菌群，環境適應性強，易發揮出種群優勢。生物有機肥中含有發酵菌和功能菌，具有營養功能強、根際促生效果好、肥效高等優點。
二是生物有機肥富含生理活性物質，生產生物有機肥需將有機物發酵，進行無害化、高效化處理，產生吲哚乙酸、赤霉素、多種維生素以及氨基酸、核酸、生長素、尿囊等生理活動物質。
三是生物有機肥富含有機、無機養分，生物有機肥原料以禽、畜糞便為主，富含有機、無機養分，N、P、K養分，各種中量元素（Ca、Mg、S等）和微量元素（Fe、Mn、Cu、Zn、B、Mo、Cl等）以及其他對作物生長有益的元素（Si、Co、Se、Na等），故具養分含量豐富且體積小、宜施用的優點。
四是生物有機肥經發酵處理后無致病菌、寄生蟲和雜草種子，加入的微生物菌對生物和環境安全無害，且適合工業化生產和滿足大規模農業生產需求。故生物有機肥兼具微生物肥料與有機肥料雙重優點，具有明顯改土培肥和增產、提高產品品質效果。
生物有機肥肥效機理
一是有益微生物菌的肥效顯著，采用含菌生物有機肥與不含菌生物有機肥基質研究表明，含菌生物有機肥處理的菠菜、小白菜產量平均22.403t/h㎡和29.169t/h㎡,而不含菌生物有機肥基質處理的菠菜、小白菜產量平均為19.095t/h㎡和23.982t/h㎡，差異達5%顯著水平，不同微生物菌處理的雞糞肥效比較表明，采用高效有益微生物菌處理的雞糞肥效明顯高于自然菌處理的雞糞肥效，有益微生物菌處理的青菜地下部分生長好，地上部分產量高，原因是生物有機肥中的有益微生物菌具有固N、解P、解K等營養功能和根際促生功能。
二是高效有機肥的肥效顯著，與傳統有機肥相比，高效有機肥處理的青菜商品菜鮮物質量增加21.54%，根鮮物質量增加13.00%，產量增加17.44%，均達5%顯著水平，其原因主要與高效有機肥發酵產生生理活性物質且富含有機、無機養分有關。
三是微生物與有機肥的交互作用明顯，生物有機肥具有微生物和有機肥的單獨作用，還具有交互作用，還具有交互作用，國內外研究表明生物有機肥可改善土壤理化性質，促進肥料成分有效化，提高肥料利用效率，改善土壤微生物數量、區系和密度，增加有益微生物數量和組成，減少和抑制有害病原菌，提高土壤微生物緩沖能力，促進作物健康生長。
