根據農業部土壤有機質提升項目實施指導意見的要求，為進一步鞏固商品有機肥推廣成果，引導農民科學用肥，提高耕地質量，就生產有機肥推廣實施補貼政策,引導農民逐步增施有機肥，政策補貼無疑是一個重要的突破口。從2004年上海開始實施有機肥政策補貼，江蘇、山東等地也陸陸續續開始實行有機肥的補貼政策。補貼政策推動了有機肥的發展。
《中華人民共和國企業所得稅法》第二十七條第三款規定：企業從事符合條件的環境保護、節能節水項目的所得，可以免征、減征企業所得稅。《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第八十八條規定：企業所得稅法第二十七條第（三）項所稱符合條件的環境保護、節能節水項目，包括公共污水處理、公共垃圾處理、沼氣綜合開發利用、節能減排技術改造、海水淡化等。項目的具體條件和范圍由國務院財政、稅務主管部門商國務院有關部門制訂，報國務院批準后公布施行。企業從事前款規定的符合條件的環境保護、節能節水項目的所得，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年免征企業所得稅，第四年至第六年減半征收企業所得稅（三免三減半）。實施條例第八十九條規定：依照本條例第八十八條規定享受減免稅優惠的項目，在減免稅期限內轉讓的，受讓方自受讓之日起，可以在剩余期限內享受規定的減免稅優惠；減免稅期限屆滿后轉讓的，受讓方不得就該項目重復享受減免稅優惠。
國家對生物有機肥行業的最新政策。有機肥設備，有機肥生產線，有機肥造粒機，有機肥生產設備。國家層面早在十年前就啟動了以增加土壤有機質為重點的“沃土工程”，此后有機肥作為“十一五”重點扶植的肥料品種之一越來越受到黨中央的重視，近年來，“中央1號”文件多次提出“鼓勵農民增施有機肥”。然而，目前還沒有國家層面針對有機肥的補貼，化肥行業享有的能源價格、用電、鐵路運輸等優惠政策卻把有機肥拒之門外（2006年起有機肥免受增值稅），有機肥的運輸價格比化肥要高一倍，只有部分省市開展了有機肥補貼。
最早開展有機肥補貼的是上海市，有機肥設備，有機肥生產線，有機肥造粒機，有機肥生產設備。從2004年試點統一采購1.5萬噸有機肥，此后推廣數量逐年增加，2009年達到16萬噸，2004-2008年有機肥市場指導價為400元/噸，市財政補貼標準時250元/噸，各縣區增加50-100元/噸的補貼，有關鄉鎮在此基礎上再給予補貼，2009-2011年的補貼額度為200元/噸。江蘇省2006年開始補貼，每噸由省財政補貼150元，市財政補貼50元；北京在2007年開始實施補貼政策，每噸補貼250元，山東省有機肥補貼于2008年起步，每噸補貼300元。北京有機肥示范推廣主要針對種植大戶和專業合作社（生態農業產業基地），正是有了補貼他們才開始大面積使用有機肥，進而帶動周邊小農戶使用有機肥。
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