有機肥最突出的作用是提高土壤有機質。而土壤中的有機質能顯著改善土壤的理化性狀，使土壤耕性變好，滲水能力增強，提高土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防澇能力，增產明顯，這是化肥不能替代的。有機肥料不僅可以阻止生態環境的惡化，提高環境質量，而且在農業生產方面也發揮著巨大的作用。
一、提高土壤的培肥地力作用
土壤中的微量元素95%以不溶態形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代謝產物中含有大量的有機酸類物質，這些物質就像在冰塊中加入的熱水一樣，很快就能把微量元素如鈣、鎂、硫、銅、鋅、鐵、硼、鉬等植物必需的礦物元素溶解，變成可以被植物直接吸收利用的營養元素，大大增加了土壤的供肥能力。
有機肥料中的有機質增加了土壤中的有機質含量，使得土壤粘結度降低，砂性土壤保水保肥性能變強，從而土壤形成穩定的團粒結構，便可以發揮良好的肥力協調供應能力。用過有機肥，土壤會變得疏松、肥沃。
二、提高土壤質量，促進土壤微生物繁殖
有機肥料可以使土壤中的微生物大量繁殖，特別是許多有益的微生物，如固氮菌、氨化菌、纖維素分解菌等。.這些有益微生物，能分解土壤中的有機物，增加土壤的團粒結構，改善土壤組成。
微生物在土壤中的繁殖速度非常快，他們就像一張看不見的大網，錯綜復雜。微生物的菌體死亡后，在土壤中留下了很多微細的管道，這些微細的管道不但增加了土壤的透氣性，而且還使土壤變得蓬松柔軟，養分水分不易流失，增加了土壤蓄水蓄肥能力，避免和消除了土壤的板結。
有機肥中的有益微生物還能抑制有害病菌的繁殖，這樣就可以做到少打藥，如果連續多年施用，可以有效抑制土壤有害生物，省工、省錢、無污染。
同時，有機肥料中有動物消化道分泌的各種活性酶，以及微生物產生的各種酶。這些物質施到土壤后，可大大提高土壤的酶活性。長期持久使用有機肥可以改善土壤的質量。從根本上改善提高了土壤的質量，就不怕種不出優質的果實。
三、提供農作物所需全面營養，保護農作物根莖
有機肥料含有植物所需要的大量營養成分、微量元素、糖類和脂肪。
有機肥分解釋放的CO2可作為物光合作用的材料。有機肥還含有氮、磷、鉀5%三要素，有機質45%，可為農作物提供全面的營養。
同時，不得不提的是有機肥在土壤中分解，能夠轉化形成各種的腐殖酸是一種高分子物質，具有很好的絡合吸附性能，對重金屬離子有很好的絡合吸附作用，能有效地減輕重金屬離子對作物的毒害，并阻止其進入植株中，并且保護植腐殖酸物質物的根莖。
四、增強農作物抗病、抗旱、耐澇能力
有機肥含有維生素、抗生素等，可增強農作物抗性，減輕或防止病害發生。有機肥施入土壤后，可增強土壤的蓄水保水能力，在干旱情況下，能增強作物的抗旱能力。
同時，有機肥還可使土壤變得疏松，改善作物根系的生態環境，促進根系的生長，增強根系活力，提高作物耐澇能力，減少植物的死亡率，提高了農產品的生存率。
五、提高食品的安全性、綠色性
國家早已明文規定：農業生產過程必須限制無機肥料的過量使用，有機肥料才是生產綠色食品的主要肥源。由于有機肥料中各種營養元素比較完全，而且這些物質完全是無毒、無害、無污染的自然物質，這就為生產高產、優質、無污染的綠色食品提供了必須條件。前面說的腐殖酸物質，可以減輕重金屬離子對植物的危害，也就相當于減少了重金屬對人體的危害。
六、提高農作物產量
有機肥中的有益微生物利用土壤中的有機質，產生次級代謝物，其中含有大量的促生長類物質。如生長素，能促進植物伸長生長，脫落酸能促進果實成熟，赤霉素能促進開花坐果，增加開花數、保果率，提高產量，使果實飽滿，色澤鮮嫩，還能提早上市，達到增產增收。
七、減少養分流失，提高化肥利用率
化肥的實際利用率只有30%～45%。損失的化肥一部分分解釋放到大氣中，一部分則隨著水土流失掉了，還有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收利用。
當施入有機肥后，由于有益生物活動改善了土壤結構，增加了土壤保水保肥能力，從而減少了養分的流失。加上有益微生物解磷解鉀作用，能使化肥有效利用率提高到50%以上。
有機肥的優勢說明了它的不可替代性，相比化肥，未來人們都會相應的偏向選擇有機肥料，有機肥的廣泛使用，有效降低農業生產成本，減少環境污染，符合現代農業可持續發展的要求。
